ब्रेन एटलस दो शब्दों से मिलकर बना है पहला शब्द है ब्रेन जिसका हिंदी में अर्थ होता है दिमाग/ मस्तिष्क। दूसरा शब्द है एटलस जिसका हिंदी में अर्थ होता है "मानचित्रों की किताब" इस प्रकार दिमाग के अलग-अलग भागों के मानचित्रों (सीरियल तस्वीरें) को "ब्रेन एटलस" कहा जाता है। यह बिल्कुल वैसा ही है जैसे हम विश्व के भूगोल के मानचित्र तैयार करते हैं। भूगोल के मानचित्रों की तरह ही जब मस्तिष्क के सभी भागों का मानचित्र तैयार किया जाता है तो इसे ब्रेन एटलस कहा जाता है।